Team:The Agency Escondido/notebook

From 2013hs.igem.org

(Difference between revisions)
 
(23 intermediate revisions not shown)
Line 1: Line 1:
<html>
<html>
-
            <style>
+
<style>
                 #top-section #p-logo{display:none;}
                 #top-section #p-logo{display:none;}
                 #ocontent,#header{
                 #ocontent,#header{
Line 6: Line 6:
                     background-color: white;
                     background-color: white;
                 }
                 }
-
                 #ocontent-inner,#header-inner{
+
                 #ocontent-inner{
                     margin-left:auto;
                     margin-left:auto;
                     margin-right:auto;
                     margin-right:auto;
Line 24: Line 24:
                 }
                 }
                 #ocontent-inner2{
                 #ocontent-inner2{
-
                     margin-left:225px;
+
                     margin-left:242px;
-
                     margin-right:55px;
+
                     margin-right:75px;
-
                    width:695px;
+
                 }
                 }
                 body{
                 body{
-
                     font-family:sans-serif;
+
                     font-famiy:sans-serif;
                     border:none;
                     border:none;
                     margin:0;
                     margin:0;
Line 52: Line 51:
                 #top-section div:hover{
                 #top-section div:hover{
                     background-image:url('https://static.igem.org/mediawiki/2013hs/8/85/Grey_carpet_2013.png');
                     background-image:url('https://static.igem.org/mediawiki/2013hs/8/85/Grey_carpet_2013.png');
-
 
                 }
                 }
                 #menubar{
                 #menubar{
Line 98: Line 96:
                     display:inline;
                     display:inline;
                 }
                 }
 +
              #sponsors ul
 +
{
 +
margin: 0;
 +
padding: 0;
 +
list-style-type: none;
 +
text-align: center;
 +
}
 +
 +
#sponsors ul li { display: inline; }
 +
 +
#sponsors ul li a
 +
{
 +
text-decoration: none;
 +
padding: .2em 1em;
 +
}
                 p{
                 p{
                     margin-top:0;
                     margin-top:0;
Line 160: Line 173:
                 }
                 }
                 #content,#bodyContent{
                 #content,#bodyContent{
-
                     border-left:20px;
+
                     border-left:30px;
-
                     border-right:50px;
+
                     border-right:40px;
                     padding:0;
                     padding:0;
-
                     width:1000px;
+
                     width:975px;
                 }
                 }
                 #bodyContent>p:nth-child(3){0
                 #bodyContent>p:nth-child(3){0
Line 177: Line 190:
                 #topheader-inner{
                 #topheader-inner{
                     width:975px;
                     width:975px;
-
                     margin-left: auto;
+
                     margin-left:auto;
                     margin-right:auto;
                     margin-right:auto;
                 }
                 }
-
                 #sections ul li {
+
                 #nav a{
 +
                    display:block;
 +
                    color:#fff;
 +
                    text-decoration:none;
 +
                }
 +
                #nav li {
                     display:inline;
                     display:inline;
                     margin:5px;
                     margin:5px;
-
                     font-size:16pt;
+
                     font-size:12pt;
                     font-weight:bold;
                     font-weight:bold;
                 }
                 }
-
                 #sections ul li a{color:black;}
+
                 #nav li{color:white;}
 +
                #nav li ul a{color:black;}
                 body{
                 body{
-
                     overflow-y: scroll;
+
                     overflow-y: auto;
                 }
                 }
-
                 #sections ul{
+
                 #nav{
                     width:auto;
                     width:auto;
 +
                    float:left;
                 }
                 }
-
#img {
+
                #nav ul{
-
width: 500px;
+
                    background:rgba(255,255,255,1);
-
length: 500px;
+
                    list-style:none;
-
}              
+
                    position:absolute;
-
#sections{
+
                    left:-9999px;
-
                      margin-left:127px;
+
                }
-
                     margin-right:auto;
+
                #nav{
 +
                    margin-left:440px;
 +
                     margin-right:-70px;
                     position:relative;
                     position:relative;
-
                     top:-30px;
+
                     top:-40px;
 +
                    overflow-x:visible;
                 }
                 }
-
                 #sections #selectedsection{
+
                 #nav li{
-
                     color: #333;
+
                     float:left;
-
                     border-bottom:2px solid black;
+
                     margin-right:10px;
 +
                    position:relative;
 +
                    padding-bottom:10px;
                 }
                 }
-
              table{
+
                #nav a:hover{
-
border-collapse:collapse;
+
                    color:#fff;
-
}
+
                    background:#6b0c36;
 +
                    text-decoration:underline;
 +
                }
 +
                #nav li:hover ul{
 +
                    left:-25px;
 +
                }
 +
                #nav ul li{
 +
                    padding-top:30px;
 +
                    float:none;
 +
                }
 +
                #nav ul a{
 +
                    white-space:nowrap;
 +
                }
 +
                #nav li:hover a{
 +
                    background:rgba(0,0,0,0);
 +
                    text-decoration:none;
 +
                }
 +
                #nav li ul li a:hover{
 +
                    background:rgba(255,255,255,1);
 +
                    left:-30px;
 +
                }
 +
                table{
 +
                    border-collapse:collapse;
 +
                }
 +
                #header-inner-right{
 +
                    margin-bottom:-67px;
 +
                    margin-left:895px;
 +
                    margin-right:auto;
 +
                }
 +
                #banner{
 +
                    margin-top:-20px;
 +
                    margin-left:0px;
 +
                    margin-bottom:-100px;
 +
                }
 +
                #banner img{
 +
                width:975px;
 +
              }
-
table, td{
+
#header-inner{
-
border: 2px #111111 solid;
+
                    margin-left:5px;
-
}
+
                    margin-right:auto;
-
 
+
                    margin-bottom:10px;
-
            </style>
+
                }
 +
                #languages{
 +
                    width:100;
 +
                    height:auto;
 +
                    position:fixed;
 +
                    top:1%;
 +
                    right:92%;
 +
                }
             </style>
             </style>
         <div id="topheader">
         <div id="topheader">
Line 222: Line 290:
                 </ul>
                 </ul>
             </div>
             </div>
 +
        </div>
 +
        <div id="banner">
 +
                <img width=955 height=120 src="https://static.igem.org/mediawiki/2013hs/e/e9/Landscape_1_banner.png"/>
         </div>
         </div>
<div id="header">
<div id="header">
 +
            <div id="header-inner-right">
 +
                <a href="https://2013hs.igem.org/Main_Page"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2011/9/9f/IGEM_basic_Logo_65px.png" alt="IGEM Logo"/></a>
 +
            </div>
             <div id="header-inner">
             <div id="header-inner">
-
                 <a href="http://agency-stem.org"><img src="http://agency-stem.org/static/img/2013-heading-web.png" alt="Agency Logo"/></a>
+
                 <a href="http://agency-stem.org"><img width=500px src="https://static.igem.org/mediawiki/igem.org/b/bb/Agency-2013-heading-web.png" alt="Agency Logo"/></a>
             </div>
             </div>
-
        </div>
 
<div id="ocontent">
<div id="ocontent">
     <div id="ocontent-inner">
     <div id="ocontent-inner">
     <div id="ocontent-inner2">
     <div id="ocontent-inner2">
-
<div id="sections">
+
        <div id="sections">
-
<ul>
+
<ul id="nav">
-
<li><a href="https://2013hs.igem.org/Team:The_Agency_Escondido">About</a></li>
+
    <li>
-
<li id="selectedsection">Notebook</li>
+
        <a href="https://2013hs.igem.org/Team:The_Agency_Escondido">About</a>
-
<li><a href="https://2013hs.igem.org/Team:The_Agency_Escondido/safety">Safety</a></li>
+
        <ul>
 +
            <li><a href="https://2013hs.igem.org/Team:The_Agency_Escondido">General</a></li>
 +
            <li><a href="https://2013hs.igem.org/Team:The_Agency_Escondido/sandiego">San Diego</a></li>
 +
            <li><a href="https://2013hs.igem.org/Team:The_Agency_Escondido/ourteam">Our Team</a></li>
 +
        </ul>
 +
    </li>
 +
<li>
 +
        <a href="https://2013hs.igem.org/Team:The_Agency_Escondido/project"><u>Project</u></a>
 +
        <ul>
 +
            <li><a href="https://2013hs.igem.org/Team:The_Agency_Escondido/project/rock">Rock</a></li>
 +
            <li><a href="https://2013hs.igem.org/Team:The_Agency_Escondido/project/paper">Paper</a></li>
 +
            <li><a href="https://2013hs.igem.org/Team:The_Agency_Escondido/project/scissors">Scissors</a></li>
 +
        </ul>
 +
    </li>
 +
    <li>
 +
        <a href="https://2013hs.igem.org/Team:The_Agency_Escondido/notebook">Notebook</a>
 +
        <ul>
 +
            <li></li>
 +
        </ul>
 +
    </li>
 +
    <li>
 +
        <a href="https://2013hs.igem.org/Team:The_Agency_Escondido/safety">Safety</a>
 +
        <ul>
 +
            <li></li>
 +
        </ul>
 +
    </li>
</ul>
</ul>
-
</div>
+
          </div>
<h2>April 9</h2>
<h2>April 9</h2>
<p>Andrew Buss prepared 120 mL of LB broth</p>
<p>Andrew Buss prepared 120 mL of LB broth</p>
Line 391: Line 489:
     <tr>
     <tr>
           <td><solid>Vansh Singh Transformation Control</solid></td>
           <td><solid>Vansh Singh Transformation Control</solid></td>
-
           <td><img src = "https://static.igem.org/mediawiki/2013hs/6/6f/AgencyTransformationCTRL2013.jpg" id = "img"/></td>
+
           <td><img width=500px src = "https://static.igem.org/mediawiki/2013hs/6/6f/AgencyTransformationCTRL2013.jpg" id = "img"/></td>
     </tr>
     </tr>
     <tr>
     <tr>
           <td><solid>Andrew Buss Ligation Control</solid></td>
           <td><solid>Andrew Buss Ligation Control</solid></td>
-
           <td><img src ="https://static.igem.org/mediawiki/2013hs/4/40/AgencyLBLigationCtrl2013.jpg" id = "img"/></td>
+
           <td><img width=500px src ="https://static.igem.org/mediawiki/2013hs/4/40/AgencyLBLigationCtrl2013.jpg" id = "img"/></td>
     </tr>
     </tr>
     <tr>
     <tr>
           <td><solid>Andrew Buss Transformation Conrol</solid></td>
           <td><solid>Andrew Buss Transformation Conrol</solid></td>
-
           <td><img src ="https://static.igem.org/mediawiki/2013hs/9/93/AgencyRecombanationControl.jpg" id = "img"/></td>
+
           <td><img width=500px src ="https://static.igem.org/mediawiki/2013hs/9/93/AgencyRecombanationControl.jpg" id = "img"/></td>
     </tr>
     </tr>
Line 466: Line 564:
<p>Andrew Buss resuspended DNA samples of BBa_R0080, BBa_B0010, BBa_J373033, and pSB1C3 from the Spring 2012 DNA distribution in 50 uL of distilled water each. Transformation is postponed until ampicillin media becomes available (ampicillin and other supplies are on order).</p>
<p>Andrew Buss resuspended DNA samples of BBa_R0080, BBa_B0010, BBa_J373033, and pSB1C3 from the Spring 2012 DNA distribution in 50 uL of distilled water each. Transformation is postponed until ampicillin media becomes available (ampicillin and other supplies are on order).</p>
 +
 +
<h2>May 8</h2>
 +
 +
<p>Andrew Buss's transformation plate from 5/1 showed no colonies. However, there was large black colony that appeared densest by the edge of the plate. Evidently, contamination was introduced during the transformation process, although the absence of other colonies suggests that the transformation process or a previous step did not work correctly.</p>
 +
 +
<h2>May 9</h2>
 +
 +
<p> Grant Jose inoculated lb with parts a and neb 10 </p>
 +
 +
<p>Andrew Buss inoculated 5 mL of LB media with 100 uL of media containing NEB 10 cells. After inoculation, the spectrophotometer registered an OD 600 of .029. This did not vary over the next hour and the next three spectrophotometer readings. Andrew Segina hypothesized that this was a result of the (previously refrigerated) cells' slow return to a growth stage. The cells were left to incubate overnight.</p>
 +
 +
<h2>May 10</h2>
 +
 +
<p>Andrew Buss continued his spectrophotometry work from the previous night. Noticeable increase in OD 600 was observed - a range from .45 to .5. </p>
 +
 +
<p>Andrew Buss tested a <a href="http://www.med.nyu.edu/medicine/labs/blaserlab/Protocols/E-coli_competent_cells_protocol_&_transformation.pdf">calcium chloride competent cell protocol</a>. Cell clumping presented obstacles to resuspension, so the test was simply to verify that the protocol did not entirely kill NEB 10 cells.</p>
 +
 +
<p>Ben Jones ran a miniprep on Evan Santos's 3A Construction Protocol Part A</p>
 +
 +
<p> Evan Santos ran a miniprep on Grant Jose's 5/9/13 culture of 3A Construction Protocol Part B</p>
 +
 +
<h2>May 15</h2>
 +
 +
<p>Evan Santos inoculated 600 mL of LB media with 25 uL of media containing NEB-10 cells.</p>
 +
 +
<h2>May 21</h2>
 +
 +
<p>Andrew Segina made 1mL 1000x stock solutions of Ampicillin, Kanamycin Sulfate, and Chloramphenicol, as per the protocol found in CASP.</p>
 +
<p>Grant Hassinger and Blaise DeValasco did a run of transforming Cells with I13500 and E0040 but the label wiped off and they became indistinguishable so the work was bleached and disposed of.</p>
 +
 +
<h2>May 30</h2>
 +
<p>Evan Santos transformed competent cells for parts BBa_R0062 and BBa_I13500.</p>
 +
</div>
</div>
</div>
</div>
     </div>
     </div>
</html>
</html>

Latest revision as of 23:15, 21 June 2013