Team:CIDEB-UANL Mexico/Math-Parameters/Español

Nuestro circuito genético, está compuesto de seis variables diferentes: la concentración de tres proteínas (cI, VIP y GFP) y sus respectivos mRNA dentro de la célula. En la tabla 1, se muestran los símbolos para cada variable. Las proteínas son representadas por una letra y su mRNA por la misma letra con una “m” antes de ella.

Para parametrizar nuestro modelo, escogimos seguir el método del equipo Beijing 2009; ellos propusieron una relación entre la longitud de pares de bases de y la tasa máxima de de transcripción de un gen, y la similitud entre el tamaño en número de amino ácidos y la tasa máxima de traducción de una proteína. Asumiendo que el número de polimerasas y ribosomas son los valores promedio determinados para E. coli, usamos las siguientes ecuaciones:

Para todas las variables la tasa de degradación es expresada por la formula (ln(2)/half life)+(ln(2)/division time), con el mismo tiempo de división para E. coli (30 min), porque todos los procesos ocurren dentro de ella. La única cosa que cambia es el tiempo medio; para cI, VIP y GFP (mRNA) es 6.8 minutos y para las proteínas cI (Selinger, GW, et al., 2003), VIP y GFP es mas de 10 horas (Varshavsky, (1997) y Tobias et al., 1991).