Team:CIDEB-UANL Mexico/Project-Idea/Español

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<a href="https://2013hs.igem.org/Team:CIDEB-UANL_Mexico/Project-Idea#Problem"><font color="blue">Problem</font></a> - <a href="https://2013hs.igem.org/Team:CIDEB-UANL_Mexico/Project-Idea#OurModel"><font color="blue">Our Model</font></a> - <a href="https://2013hs.igem.org/Team:CIDEB-UANL_Mexico/Project-Idea#Important"><font color="blue">Important Aspects</font></a><br>
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<a href="https://2013hs.igem.org/Team:CIDEB-UANL_Mexico/Project-Idea#Problema"><font color="blue">Problema</font></a> - <a href="https://2013hs.igem.org/Team:CIDEB-UANL_Mexico/Project-Idea#Nuestro Modelo"><font color="blue">Nuestro Modelo</font></a> - <a href="https://2013hs.igem.org/Team:CIDEB-UANL_Mexico/Project-Idea#Important"><font color="blue">Aspectos Importantes</font></a><br>
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<a name="Problem"></a><b>Problem</b> - <a href="https://2013hs.igem.org/Team:CIDEB-UANL_Mexico/Project-Idea#"><font color="blue">Return</font></a>
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<a name="Problema"></a><b>Problem</b> - <a href="https://2013hs.igem.org/Team:CIDEB-UANL_Mexico/Project-Idea#"><font color="blue">Return</font></a>
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La agricultura es una parte muy importante de la vida humana, porque de esta actividad proviene la mayoría de nuestros alimentos, así que nuestra alimentación depende mucho de ella; en esta practica, muchos factores pueden afectar el crecimiento de los cultivos, como son los insectos, y ellos también pueden afectar el producto final. Una efectiva y fácil solución a este problema es el uso de pesticidas, pero se conocen muchas consecuencias negativas por su uso en el suelo de cultivos. Nosotros estamos interesados en trabajar en el área de los cultivos de papa, habiendo investigado la plaga que lo afecta, el gusano blanco. De este gusano se sabe que afecta la raíz de las plantas e incluso puede destruirlo. Queremos eliminar este problema en condiciones seguras con un sistema que pueda destruir la plaga sin perjudicar el cultivo en sí y que solo afecte al insecto.</p></p>
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La agricultura es una parte muy importante para la vida humana, porque de esta actividad se desarrollan la mayor parte de los alimentos, entonces nuestra alimentación depende en gran parte de ella; en esta práctica, muchos factores pueden modificar el crecimiento del cultivo, como lo son los insectos, y éstos afectan también directamente al resultado final. Una solución efectiva y popular para este problema es el uso de pesticidas, pero también tienen consecuencias negativas en el suelo. Estamos interesados en los cultivos de la papa, después de haber investigado los efectos y consecuencias de, la gallina ciega. Este gusano es conocido por afectar las raíces de la planta y la destrucción de ella. Queremos eliminar el problema de manera segura con un sistema que pueda destruir la plaga sin causar problemas a insectos o suelo.
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<p align="center"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2013hs/a/a8/Potatosss.gif" height="245px" width="540" /><br>Image retrieved from: <a href="http://www.potato2008.org/images/stages.gif"><font color="blue">http://www.potato2008.org/images/stages.gif </font></a></p>
<p align="center"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2013hs/a/a8/Potatosss.gif" height="245px" width="540" /><br>Image retrieved from: <a href="http://www.potato2008.org/images/stages.gif"><font color="blue">http://www.potato2008.org/images/stages.gif </font></a></p>
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<p align="justify"><a name="OurModel"></a><b>Our model</b> - <a href="https://2013hs.igem.org/Team:CIDEB-UANL_Mexico/Project-Idea#"><font color="blue">Return</font></a>
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<p align="justify"><a name="Nuestro Modelo"></a><b>Our model</b> - <a href="https://2013hs.igem.org/Team:CIDEB-UANL_Mexico/Project-Idea#"><font color="blue">Return</font></a>
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In our system, we are aiming to avoid this problem with a pesticide that is to be produced in specific temperature conditions. It is going to be a modified bacterium, in this case we will be working with E. coli, that it is going to be releasing the pesticide (Vip3Ca3) regulated by temperature related to the optimum temperature in which the worm develops and grows. We constructed a model of the circuit that would be finally inserted in the bacteria. In order to do so we divided it in two genes:  </p>
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En nuestro sistema, queremos evadir el problema con un pesticida que será producido en específicas condiciones (temperatura). Será una bacteria modificada, en este caso trabajaremos con E. coli, que estará liberando el pesticida (Vip3Ca3) regulado por temperatura relacionado con la óptima temperatura en donde el gusano se desarrolla y crece. Construimos un modelo para el circuito que insertaremos en la bacteria. Para realizarlo lo dividimos en 2 genes:  </p>
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<p align="justify">The first gene consists of a regulable promoter repressed by the cI lambda (parts registry name: R0051), linked to a rbs and followed by the Vip3ca3, this part currently does not exist in the parts registry page, so we are planning on inserting it as a new part, by converting it into a BioBrick with standard cutting sites. That’s why it was requested to be synthesized, to have a more practical use. After the rbs we will manually assemble a reporter to notice that the production of the Vip3Ca3 is actually occurring. In this case we will use GFP as a reporter with degradation tag LVA in order to see if the Vip3Ca3 production is actually occurring (later we are going to explain a little more about the degradation tag.</p>
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<p align="justify">El primer gen consiste de un promotor regulable que sera reprimido por el cI lambda (parts registry name: R0051), ligado al rbs y seguido por el Vip3ca3, ésta última no existente en el registro de partes, así que planeamos en insertarlo como una parte nueva, convirtiéndolo en un Biobrick con cortes estándares. Por eso es necesario sintetizarlo, para tenerle un uso más práctico. Después del rbs insertaremos un rbs para avisar la producción del Vip3Ca3. En este caso usaremos GFP como reporter con etiqueta de degredación LVA para ver si la producción de Vip3Ca3 está ocurriendo.</p>
   
   
<p align="center"> <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2013hs/2/2f/Parte111.png" width="600px" height="124px" /> </p>
<p align="center"> <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2013hs/2/2f/Parte111.png" width="600px" height="124px" /> </p>
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<p align="justify">The second part has of a constitutive promoter and a riboswitch that will regulate, by temperature, the Vip3ca3 production. After the riboswitch the gene that will be expressed is the Vip3Ca3, then a RBS in order to add a repressor after this. It was decided to synthesize these parts for the assembly because it was more practical. After the synthesized parts, we are going to assembly manually adding the repressor lamba cI (In the parts registry is located as the C0051). </p>
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<p align="justify">La segunda parte consta de un promotor constitutive y un riboswitch que regulará por temperatura la producción del Vip3ca3. Después del riboswitch el gen que se expresará es el Vip3Ca3, después un RBS para añadir un represor después de esto. Se decidió sintetizar éstas partes para ensamblar porque era más práctico. Después de las partes sintetizadas , ensamblaremos manualmente añadiendo el represor lamba cI (In the parts registry is located as the C0051). </p>
<p align="center"> <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2013hs/b/b6/Parte2.png" width="400px" height="150px" /> </p>
<p align="center"> <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2013hs/b/b6/Parte2.png" width="400px" height="150px" /> </p>
   
   
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<p align="justify"><a name="Important"></a><b>Important Aspects</b> - <a href="https://2013hs.igem.org/Team:CIDEB-UANL_Mexico/Project-Idea#"><font color="blue">Return</font></a>
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<p align="justify"><a name="Important"></a><b>Aspectos Importantes</b> - <a href="https://2013hs.igem.org/Team:CIDEB-UANL_Mexico/Project-Idea#"><font color="blue">Return</font></a>
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Two important aspects of our circuit are the riboswitch and the Vip3Ca3 protein.
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Dos aspectos importantes de nuestro circuito son el riboswitch y elVip3Ca3.
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<b>Riboswtich:</b> this works as a RBS but it activates transcription at temperatures higher than  20ºC having its optimum state at 37ºC. As we needed the inverse of this function as well, we used a set of promoter repressor to stop the production at 20ºC.
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<b>Riboswtich:</b> trabaja como RBS pero activa la transcripción a temperaturas mas altas de 20ºC teniendo un estado óptimo a 37ºC.Como también necesitamos la función inversa, usamos un promotor represivo para detener la producción a 20°c
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<b>Vip3Ca3:</b> being a new protein, as not found in parts registry we asked for it to be synthesized (for more information about this protein you can see an article in the safety section).</p>
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<b>Vip3Ca3:</b> Siendo una nueva proteína, que no estaba en el registro de partes pedimos sintetizarlo. </p>
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<p align="justify">Para tener nuestra bacteria en el campo, hicimos un robot, especialmente desarrollado para esta tarea, para tener un trabajo más eficiente. Tiene el propósito de generar una ventaja de las condiciones del suelo para un óptimo rendimiento de las bacterias. </p>
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<p align="justify">To spread our bacteria in the field, we have a made a robot, specially developed for this task, to have a more efficient the work. This has the purpose to take advantage of ground conditions for an optimum spread of bacteria (more information abot the robot is available in the software section).</p>
+
<p align="justify">Nuestro objetivo es tener y dar una manera alternativa para combatir y eliminar problemas de plagas, en este caso particular, estamos trabajando en la gallina ciega encontrada en los cultivos de papa en un método seguro que controla el sistema de regulación de producción. Esto, con el objetivo de evadir diferentes cosas:
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<p align="justify">Our goal is to have and give an alternative way to combat and/or eliminate plague problems, in this particular case, we are working on the white worm found in potato crops in a secure way which controls the system regulating the production.
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- Sobreproducción<br>
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This, with the objective of avoiding several things:
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-Como el Vip3ca3 es degradado después de cierto tiempo, no existen problemas de bioacumulación.<br>
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- Overproduction <br>
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-Contaminación, el Vip3Ca3no daña el ambiente.<br>
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- As the Vip3Ca3 can be broken down after a certain amount of time there is no problem with bioaccumulation.<br>
+
- Producción innecesaria; este sistema es regulado por temperatura porque era mejor así para ir en contra del ciclo de vida de gallina ciega pero puede ser regulado por diferentes intervalos de temperatura (con un riboswitch diferente). También podemos invertir la activación del sistema usando sólo la parte con el Vip3Ca3 sin el promotor represivo.</p>
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- Contamination, Vip3Ca3 does not harm the environment.<br>
+
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- Unnecessary production; this system is regulated by temperature because it was better this way against the white worms life cycle but it can be regulated by different intervals of temperature (with different riboswitch). We can also inverse the activation of the system by using only the part with the Vip3Ca3 without the promoter-reppresor set.  
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<p align="justify">One of the purposes of our work is to function as a model, in which the riboswitch and the toxin can be exchanged for other that works for different plagues, this including other kinds of pesticides that aim to affect other insects, or ven change reporters instead of GFP.</p>
+
<p align="justify">Uno de los propósitos de nuestro trabajo es tener la función como modelo, en el cual el riboswitch y la toxina pueden ser intercambiadas por otras que actúan por diferentes plagas incluyendo otro tipo de pesticidas que pudieran afectar otros insectos, e incluso cambiar reporteros en lugar de GFP. </p>
   
   
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Revision as of 00:29, 22 June 2013

Project
Idea

Problema - Nuestro Modelo - Aspectos Importantes
Problem - Return
La agricultura es una parte muy importante para la vida humana, porque de esta actividad se desarrollan la mayor parte de los alimentos, entonces nuestra alimentación depende en gran parte de ella; en esta práctica, muchos factores pueden modificar el crecimiento del cultivo, como lo son los insectos, y éstos afectan también directamente al resultado final. Una solución efectiva y popular para este problema es el uso de pesticidas, pero también tienen consecuencias negativas en el suelo. Estamos interesados en los cultivos de la papa, después de haber investigado los efectos y consecuencias de, la gallina ciega. Este gusano es conocido por afectar las raíces de la planta y la destrucción de ella. Queremos eliminar el problema de manera segura con un sistema que pueda destruir la plaga sin causar problemas a insectos o suelo. .


Image retrieved from: http://www.potato2008.org/images/stages.gif

Our model - Return
En nuestro sistema, queremos evadir el problema con un pesticida que será producido en específicas condiciones (temperatura). Será una bacteria modificada, en este caso trabajaremos con E. coli, que estará liberando el pesticida (Vip3Ca3) regulado por temperatura relacionado con la óptima temperatura en donde el gusano se desarrolla y crece. Construimos un modelo para el circuito que insertaremos en la bacteria. Para realizarlo lo dividimos en 2 genes:

El primer gen consiste de un promotor regulable que sera reprimido por el cI lambda (parts registry name: R0051), ligado al rbs y seguido por el Vip3ca3, ésta última no existente en el registro de partes, así que planeamos en insertarlo como una parte nueva, convirtiéndolo en un Biobrick con cortes estándares. Por eso es necesario sintetizarlo, para tenerle un uso más práctico. Después del rbs insertaremos un rbs para avisar la producción del Vip3Ca3. En este caso usaremos GFP como reporter con etiqueta de degredación LVA para ver si la producción de Vip3Ca3 está ocurriendo.

La segunda parte consta de un promotor constitutive y un riboswitch que regulará por temperatura la producción del Vip3ca3. Después del riboswitch el gen que se expresará es el Vip3Ca3, después un RBS para añadir un represor después de esto. Se decidió sintetizar éstas partes para ensamblar porque era más práctico. Después de las partes sintetizadas , ensamblaremos manualmente añadiendo el represor lamba cI (In the parts registry is located as the C0051).

Aspectos Importantes - Return
Dos aspectos importantes de nuestro circuito son el riboswitch y elVip3Ca3.
Riboswtich: trabaja como RBS pero activa la transcripción a temperaturas mas altas de 20ºC teniendo un estado óptimo a 37ºC.Como también necesitamos la función inversa, usamos un promotor represivo para detener la producción a 20°c
Vip3Ca3: Siendo una nueva proteína, que no estaba en el registro de partes pedimos sintetizarlo.

Para tener nuestra bacteria en el campo, hicimos un robot, especialmente desarrollado para esta tarea, para tener un trabajo más eficiente. Tiene el propósito de generar una ventaja de las condiciones del suelo para un óptimo rendimiento de las bacterias.

Nuestro objetivo es tener y dar una manera alternativa para combatir y eliminar problemas de plagas, en este caso particular, estamos trabajando en la gallina ciega encontrada en los cultivos de papa en un método seguro que controla el sistema de regulación de producción. Esto, con el objetivo de evadir diferentes cosas: - Sobreproducción
-Como el Vip3ca3 es degradado después de cierto tiempo, no existen problemas de bioacumulación.
-Contaminación, el Vip3Ca3no daña el ambiente.
- Producción innecesaria; este sistema es regulado por temperatura porque era mejor así para ir en contra del ciclo de vida de gallina ciega pero puede ser regulado por diferentes intervalos de temperatura (con un riboswitch diferente). También podemos invertir la activación del sistema usando sólo la parte con el Vip3Ca3 sin el promotor represivo.


Uno de los propósitos de nuestro trabajo es tener la función como modelo, en el cual el riboswitch y la toxina pueden ser intercambiadas por otras que actúan por diferentes plagas incluyendo otro tipo de pesticidas que pudieran afectar otros insectos, e incluso cambiar reporteros en lugar de GFP.

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