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Team:CIDEB-UANL Mexico/Math-Graphics/Español
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<p align="justify">Los valores de saturación para los mARN y proteínas fueron calculados analíticamente; pero como hay varias variables se complica el integrar por métodos analíticos, para esto utilizamos métodos de integración numérica en un programa de computadora llamado Simulink. Los valores de los parámetros (tasa de transcripción, traducción, degradación y disociación) son los que encontramos hasta ahora, sin embargo continuamos buscando con el fin de mejorar y expandir nuestro modelo.</p> | <p align="justify">Los valores de saturación para los mARN y proteínas fueron calculados analíticamente; pero como hay varias variables se complica el integrar por métodos analíticos, para esto utilizamos métodos de integración numérica en un programa de computadora llamado Simulink. Los valores de los parámetros (tasa de transcripción, traducción, degradación y disociación) son los que encontramos hasta ahora, sin embargo continuamos buscando con el fin de mejorar y expandir nuestro modelo.</p> | ||
| - | <h3><b> | + | <h3><b> Simulación cI inactivo-activo </h3></b> |
| - | <p align="justify">Las gráficas de la parte inferior muestran el cambio de concentración con respecto al tiempo de todas las proteínas de nuestro circuito en un estado inactivo-activo. Estas simulaciones están mostrando nuestro modelo en una temperatura debajo de los 32ºC los primeros 200 minutos, haciendo las variables de la producción de la proteína cI en su valor mínimo para el tiempo inicial, creando la posibilidad de procesar Vip3Ca3 y GFP en su máxima capacidad dentro de la bacteria (capacidad máximas mostradas en la tabla de parámetros). Pasada la media hora la temperatura es mayor que nuestros parámetros ideales de la producción de cI (sobre 32ºC) permitiendo la transcripción y traducción de la proteína cI en un factor de 1(representado en la ecuación número 5 mostrada arriba) esto es el incremento en la gráfica azul en el tiempo de 200 minutos, inhibiendo la formación de las otras dos partes del sistema: las proteínas Vip 3Ca3 y GFP simuladas como las disminuciones de las | + | <p align="justify">Las gráficas de la parte inferior muestran el cambio de concentración con respecto al tiempo de todas las proteínas de nuestro circuito en un estado inactivo-activo. Estas simulaciones están mostrando nuestro modelo en una temperatura debajo de los 32ºC los primeros 200 minutos, haciendo las variables de la producción de la proteína cI en su valor mínimo para el tiempo inicial, creando la posibilidad de procesar Vip3Ca3 y GFP en su máxima capacidad dentro de la bacteria (capacidad máximas mostradas en la tabla de parámetros). Pasada la media hora la temperatura es mayor que nuestros parámetros ideales de la producción de cI (sobre 32ºC) permitiendo la transcripción y traducción de la proteína cI en un factor de 1(representado en la ecuación número 5 mostrada arriba) esto es el incremento en la gráfica azul en el tiempo de 200 minutos, inhibiendo la formación de las otras dos partes del sistema: las proteínas Vip 3Ca3 y GFP simuladas como las disminuciones de las gráficas morada y verde. Aquellos porcentajes en la bacteria <i>E.Coli</i> bajan al mínimo hasta que la producción de cI se detiene de nuevo reiniciando el proceso.</p> |
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2013hs/2/2c/Graphic-ci-off-on.png" height="300" width="400"> | <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2013hs/2/2c/Graphic-ci-off-on.png" height="300" width="400"> | ||
| - | <h3><b> | + | <h3><b>Simulación cI activo-inactivo </h3></b> |
<p align="justify">Las gráficas mostradas representan el cambio de la concentración de cada parte en relación al tiempo de todas las proteínas de nuestro circuito, incluyendo todos los parámetros que presentamos y la ecuación 5(fRBS), donde representamos la represión y activación del riboswitch haciendo los valores de su función 0 y 1. La primera gráfica de la simulación está mostrando nuestro modelo en una temperatura entre 32 y 37ºC durante los primeros 200 minutos. Como se puede observar en la gráfica de cI (c0051), se encuentra activo y produciendo constantemente, reprimiendo a las proteínas Vip 3Ca3 y GFP, pero cuando la temperatura cambia por debajo de 32 a 37ºC el cI está ahora apagado, permitiendo la transcripción y traducción de Vip 3Ca3 y GFP esto cambia la gráfica, sin embargo podemos apreciar que el GFP se está produciendo más que el Vip3Ca3, esto se debe al tamaño mayor de pares de bases de Vip 3Ca3 que GFP, que hace más largo la síntesis por el ribosoma. Los pares de bases de estas proteínas son de 2412 y 876 respectivamente.</p> | <p align="justify">Las gráficas mostradas representan el cambio de la concentración de cada parte en relación al tiempo de todas las proteínas de nuestro circuito, incluyendo todos los parámetros que presentamos y la ecuación 5(fRBS), donde representamos la represión y activación del riboswitch haciendo los valores de su función 0 y 1. La primera gráfica de la simulación está mostrando nuestro modelo en una temperatura entre 32 y 37ºC durante los primeros 200 minutos. Como se puede observar en la gráfica de cI (c0051), se encuentra activo y produciendo constantemente, reprimiendo a las proteínas Vip 3Ca3 y GFP, pero cuando la temperatura cambia por debajo de 32 a 37ºC el cI está ahora apagado, permitiendo la transcripción y traducción de Vip 3Ca3 y GFP esto cambia la gráfica, sin embargo podemos apreciar que el GFP se está produciendo más que el Vip3Ca3, esto se debe al tamaño mayor de pares de bases de Vip 3Ca3 que GFP, que hace más largo la síntesis por el ribosoma. Los pares de bases de estas proteínas son de 2412 y 876 respectivamente.</p> | ||
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Latest revision as of 07:09, 22 June 2013
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Modelo Matemático
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Gráficas
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Los valores de saturación para los mARN y proteínas fueron calculados analíticamente; pero como hay varias variables se complica el integrar por métodos analíticos, para esto utilizamos métodos de integración numérica en un programa de computadora llamado Simulink. Los valores de los parámetros (tasa de transcripción, traducción, degradación y disociación) son los que encontramos hasta ahora, sin embargo continuamos buscando con el fin de mejorar y expandir nuestro modelo. Simulación cI inactivo-activoLas gráficas de la parte inferior muestran el cambio de concentración con respecto al tiempo de todas las proteínas de nuestro circuito en un estado inactivo-activo. Estas simulaciones están mostrando nuestro modelo en una temperatura debajo de los 32ºC los primeros 200 minutos, haciendo las variables de la producción de la proteína cI en su valor mínimo para el tiempo inicial, creando la posibilidad de procesar Vip3Ca3 y GFP en su máxima capacidad dentro de la bacteria (capacidad máximas mostradas en la tabla de parámetros). Pasada la media hora la temperatura es mayor que nuestros parámetros ideales de la producción de cI (sobre 32ºC) permitiendo la transcripción y traducción de la proteína cI en un factor de 1(representado en la ecuación número 5 mostrada arriba) esto es el incremento en la gráfica azul en el tiempo de 200 minutos, inhibiendo la formación de las otras dos partes del sistema: las proteínas Vip 3Ca3 y GFP simuladas como las disminuciones de las gráficas morada y verde. Aquellos porcentajes en la bacteria E.Coli bajan al mínimo hasta que la producción de cI se detiene de nuevo reiniciando el proceso. 
Simulación cI activo-inactivoLas gráficas mostradas representan el cambio de la concentración de cada parte en relación al tiempo de todas las proteínas de nuestro circuito, incluyendo todos los parámetros que presentamos y la ecuación 5(fRBS), donde representamos la represión y activación del riboswitch haciendo los valores de su función 0 y 1. La primera gráfica de la simulación está mostrando nuestro modelo en una temperatura entre 32 y 37ºC durante los primeros 200 minutos. Como se puede observar en la gráfica de cI (c0051), se encuentra activo y produciendo constantemente, reprimiendo a las proteínas Vip 3Ca3 y GFP, pero cuando la temperatura cambia por debajo de 32 a 37ºC el cI está ahora apagado, permitiendo la transcripción y traducción de Vip 3Ca3 y GFP esto cambia la gráfica, sin embargo podemos apreciar que el GFP se está produciendo más que el Vip3Ca3, esto se debe al tamaño mayor de pares de bases de Vip 3Ca3 que GFP, que hace más largo la síntesis por el ribosoma. Los pares de bases de estas proteínas son de 2412 y 876 respectivamente. 
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